Die Titel der alten Hauptbibliothek werden anhand von insgesamt 26 Bestandsgruppen geordnet, wobei eine Gruppe nicht belegt ist.
Zwischen 1866 und 1872 führte der damalige Schulleiter Johannes Classen die Bestandsgruppen ein, so dass seit fast 150 Jahren die Bücher der Bibliotheca Johannei mithilfe dieser Kategorien in den Regalen aufgestellt werden. Inhaltlich verwandte Themen oder Werke des gleichen Autors stehen somit nebeneinander und erleichtern dem Nutzer, das gewünschte Buch zu finden oder in den Regalen zu stöbern.
I Griechische Literatur
II Latein
III Deutsche Literatur
IV Englische Literatur
V Französische Literatur
VI Kleine europäische Literaren
VII Orientalia
VIII Grammatik und Sprachwissenschaft
X Philologische Hilfswissenschaft
XI Altertumswissenschaft
XII Geschichte
XIII Erdkunde
XIV Naturwissenschaften
XV Mathematik
XVI Religionswissenschaft und Mythologie
XVII Theologie
XVIII Philosophie
XIX Pädagogik
XX Schulbücher
XXI Hamburgensien
XXII Zeitschriften
XXIII nicht belegt
XXIV Buchkunde
XXV Musik
XXVI Archäologie und Kunstgeschichte
