Der Zeitschriftenbestand im Johanneum umfasst pädagogische, philologische, literarische, historische und weitere unterrichtsrelevante Themen. Vier Fachzeitschriften aus der alten Bibliothek werden bis zum heutigen Tag fortgeführt:
- Gymnasium
- Der altsprachliche Unterricht Latein / Griechisch
- Geschichte in Wissenschaft und Unterricht
- Vierteljahrschrift für Zeitgeschichte
Neben zahlreichen Werken aus dem Themenbereich der Schulpädagogik finden sich auch „inhaltliche Ausreißer“, die insbesondere durch Schenkungen den Weg in die Bibliothek gefunden haben, z.B. das „Archiv der deutschen Seewarte“ (Sig. XXII 6), außerdem auch Familienblätter aus dem 19. Jahrhundert wie „Daheim“ ( Sig. XXII 72), „Die Gartenlaube“ (Sig. XXII 75) oder „Das Pfennigmagazin“ (Sig. XXII 81).